Northern Blot原理及實(shí)驗(yàn)方法
原理:在變性條件下將待檢的RNA樣品進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,繼而按照同Southern Blot相同的原理進(jìn)行轉(zhuǎn)膜和用探針進(jìn)行雜交檢測。
用途:檢測樣品中是否含有基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(mRNA)及其含量。
實(shí)驗(yàn)方法:
[儀器、試劑、材料]
(一)儀器
恒溫水浴箱,電泳儀,凝膠成像系統(tǒng),真空轉(zhuǎn)移儀,真空泵,UV 交聯(lián)儀,雜交爐,恒溫?fù)u床,脫色搖床,漩渦振蕩器,分光光度計(jì),微量移液器,電爐(或微波爐),離心管,燒杯,量筒,三角瓶,等。
(二)材料
總RNA樣品或mRNA樣品,探針模板DNA(25 ng),尼龍膜
(三)試劑
NorthernMax Kit(Cat. # 1940,Ambion, Inc.),瓊脂糖,DEPC, X光底片,底片暗盒,Random Primer, dNTP Mixture,111 TBq/mmol[a-32P]dCTP,Exo-free Klenow Fragment和10 X Buffer, Sephadex G-50,SDS,雙氧水, 滅菌水等。
[方法與步驟]
1. 用具的準(zhǔn)備:
180度烤器皿:三角錐瓶、量筒、鑷子、刀片等4小時(shí)。
電泳槽:清洗梳子和電泳槽,并用雙氧水浸泡過夜,用DEPC水沖洗,干燥備用。
處理DEPC水(2 L)備用。
2.用RNAZaP去除用具表面的RNase酶污染
用RNAZap擦洗梳子,電泳槽,刀片等,然后用DEPC水沖洗二次,去除RNAZap。
3.制膠:
1). 稱取0.36mg 瓊脂糖加入三角錐瓶中,加入32.4mlDEPC水后,微波爐加熱至瓊脂糖完全熔解。60℃空氣浴平衡溶液 (需加DEPC水補(bǔ)充蒸發(fā)的水分)
2). 在通風(fēng)廚中加入3.6ml的10*Denaturing Gel buffer,輕輕振蕩混勻。
注意盡量避免產(chǎn)生氣泡。
3). 將熔膠倒入制膠板中,插上梳子
如果膠溶液上存在氣泡,可以用熱的玻璃棒或其它方法去除,或?qū)馀萃频侥z的邊緣。注:膠的厚度不能超過0.5cm。
4).膠在室溫下完全凝固后,將膠轉(zhuǎn)移到電泳槽中,加入1x MOPS Gel Running buffer蓋過膠面約1cm,小心拔出梳子。(配制250ml 1*MOPS Gel Running buffer,在電泳過程中補(bǔ)充蒸發(fā)的buffer。)
5).檢查點(diǎn)樣孔。
4. RNA樣品的制備
在RNA樣品中加入3倍體積的formaldehyde load dye和適當(dāng)?shù)腅B(終濃度為10ug/ml)?;靹蚝?,65℃空氣浴15min。短暫低速離心后,立即放置于冰上5min。
5. 電泳:
1). 將RNA樣品小心加到點(diǎn)樣孔中。
2). 在5V/cm下跑膠(5x14cm)。在電泳過程中,每隔30min短暫停止電泳,取出膠,混勻兩極的電泳液后繼續(xù)電泳。當(dāng)膠中的溴紛藍(lán)(500bp)接近膠的邊緣時(shí)終止電泳。
3). 紫外燈下,檢驗(yàn)電泳情況,并用尺子測量18S、28S、溴紛藍(lán)到點(diǎn)樣孔的距離。
注意不要讓膠在紫外燈下曝光太長時(shí)間


