噬菌體的發現是一個很古老的故事，其正式被發現在100多年前，但在更早的時候，大約18世紀末期，1790年代左右，一位英國科學家在印度恒河里發現，河水具有殺滅霍亂弧菌的功能，但把恒河水煮沸之后，這種功能就消失了，他提出恒河水中可能有一些殺菌的物質。

后來，在1915年，另一位英國細菌學家弗雷德里克·托爾特（Frederick Twort）在實驗過程中發現，有些細 菌在生長過程中出現一些空斑，他猜想這里面可能有什么東西把細菌給殺掉了，推測可能是某種酶。

兩年后的1917年，法裔加拿大科學家費利克斯·德埃雷勒（Félix d'Herelle），在做細菌培養的過程中也發現了一種能夠殺死細菌的東西，他認為可能是一種病毒，并把它命名為“噬菌體”，即吃細菌體的生命體bacteriophage，是bacterio（細菌）+phage（吞噬）的組合詞。

之后，德埃雷勒做了一系列研究，發現這個噬菌體確實有很好的殺菌作用。于是，他將噬菌體培養出來后，用來給病人做治療，這是噬菌體治療細菌感染最早的探索。