Small RNA測序

Small RNA測序

小RNA是一類長度在18-30nt的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA等，參與調控基因表達、生長發育、非生物脅迫和病原菌的侵害等過程。

利用第二代高通量測序技術，對特定狀態下的組織的small RNA進行測序，對獲得的小 RNA 序列進行分析、鑒定，同時還可以預測新的miRNA，并對鑒定出的miRNA進行靶基因預測和功能分析。

應用領域：

樣本全轉錄本信息獲取

基因注釋及篩選

基因結構分析

產品優勢：

技術穩定性好：技術穩定，建庫穩定性好

檢測精度高：幾百萬級深度檢測，可以檢測出低豐度small RNA

分析內容多方面：不僅可以分析microRNA，還可以分析siRNA

標準信息分析

1.測序數據及其質量控制：

測序堿基質量值

測序數據產出統計

2.sRNA分類注釋：

ncRNA及重復序列注釋

與參考基因組比對

公共及特有序列分析

3.miRNA分析：

miRNA鑒定、

miRNA堿基偏好性分析

miRNA堿基編輯分析

miRNA家族分析

4.miRNA表達量分析：

miRNA定量、

miRNA表達量總體分布

5.miRNA差異表達分析：

差異表達miRNA篩選、

差異表達miRNA聚類分析

6.miRNA靶基因預測

7.差異表達miRNA靶基因注釋：

差異表達miRNA靶基因的GO分類

差異表達miRNA靶基因GO富集層次分析

差異表達miRNA靶基因的COG注釋、

差異表達miRNA靶基因KEGG注釋

差異表達miRNA靶基因KEGG通路富集分析

樣品要求：

1.樣品類型：總RNA；

2.樣品濃度：總RNA濃度≥350 ng/ul；

3.樣品總量：總RNA用量>6ug；

4.樣品純度： OD260/280為1.8~2.2，260nm處有正常峰值；

5.RNA完整性：總RNA 28S/18S≥1.5； Small RNA要求電泳后有單一5S條帶。（距送樣日最近的電泳結果）