RNA抽提:加入異丙醇沉淀離心后出現(xiàn)的油滴類似物
最近利用trisol(Qiagen公司)進行肝臟病理標本RNA抽提,按照試劑的說明書進行操作:取小于50mg的RNAlater(Sigma公司)保存的樣本,置于1ml的trisol中勻漿;
勻漿結束后室溫放置5min左右,加入200ul氯仿,以振蕩器劇烈震蕩15秒混勻,室溫或冰上(此處各家說法不一,我自己測試好像沒有發(fā)現(xiàn)很大差異)放置5-10min;4度,12000g離心15min,吸取上清至新的1.5ml離心管中;在上清中加入等體積(一般加500ul)的異丙醇,顛倒混勻,室溫靜置5-10min;
4度離心,12000g,10min;此時應該出現(xiàn)一小片白色沉淀,緊貼管壁,去掉上清;加入1ml 75%乙醇洗滌,再次12000g離心(此處標準protocol為7500g,但我們一般用12000g)10min;小心去掉上清,晾干后加入50ul的DEPC 水并水浴促溶。整個過程就是這樣。
現(xiàn)在問題是:在加入異丙醇后,原先是先出現(xiàn)乳白色的渾濁層,在顛倒混勻后,液體又回復澄清狀,而現(xiàn)在是顛倒混勻后不能回復澄清狀態(tài),而是呈現(xiàn)乳濁液,離心后,在試管底部會發(fā)現(xiàn)看起來類似油滴狀的東西,白色或者帶點黃色,其體積跟樣本的量是成大概正比的關系。
只要出現(xiàn)了這種東西,樣本產(chǎn)生的RNA沉淀就無法貼壁,只有對著燈光,把油狀物搖散了才能夠看到里面的RNA沉淀,有時還會影響沉淀的形成,只有通過多次離心才能析出沉淀,昨天做的其中有三管離心離了三次才出沉淀,加起來有45min。這種東西乙醇清洗也不能去除,洗完后體積基本不變。
如果在加DEPC水之前,不把這種東西去除掉,跑出的膠圖像經(jīng)常是很亮的smear,或者是三條帶,在28s的上面還有一條莫名其妙的帶出現(xiàn),而且?guī)畏浅2缓谩H绻脴尡M量把這種東西吸除干凈的話,結果并不能改善多少。試過酚氯仿重新抽提純化,結果是幾乎沒有任何的改善。
這種情況之前碰到過,當時是用新鮮小鼠肝臟做的test,在試了各種方法無效之后,更換了trisol試劑,結果立刻就理想了,當時認為是trisol過期或者變質之類的原因。但這次trisol是新近購買的,才用了三四次而已。并且是在前一天做了一次test,結果非常好,但第二天就出現(xiàn)這種情況了,可以保證在使用過程中,試劑沒有被污染。
打電話給一些公司技術支持,回答說沒有碰到類似情況,但一個同事講,他之前也碰到類似的情況,也試過酚氯仿重抽提,但沒有效果,而且后面的RT-PCR之類的后續(xù)試驗都做不出結果。總之是只要看到這種東西,整個試驗全都廢了。
想著把這種東西吸出來送到什么地方去檢測其成分,但現(xiàn)在還沒想出什么地方可以提供這種服務。這種東西應該不是普通的油烴,密度比水跟異丙醇的溶液要大,不知是否是氯仿。
現(xiàn)在想請教各位達人,是否有人碰到同樣情況,如何才能避免,如果避免不了是否有什么可以補救的處理手段。


