[RNAi&miRNA] miRNA研究中常用的軟件和數據庫資源
以下是常用的microRNA靶標數據庫和軟件資源列表，希望對microRNA的研究者有所幫助。
（1） miRbase：眾所周知的microRNA基因注釋數據庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟件的鏈接（如：PicTar）。 網址：http://mirbase.org/index.shtml
（2） starBase：一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標數據庫，整合和構建多個流行的靶標預測軟件的交集和調控關系。網址：http://starbase.sysu.edu.cn/
（3） Tarbase：一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標數據庫。網址：http://microrna.gr/tarbase/
（4） miRecords：一個整合的microRNA靶標數據庫。整合多個靶標預測軟件的調控關系。網址：http://mirecords.biolead.org/
（5） targetScan: 基于靶mRNA序列的進化保守等特征搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟件。而且是microRNA領域大牛Bartel實驗室開發的。網址http://www.targetscan.org/
（6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶標聯合作用等特征開發的搜尋動物的microRNA靶基因的軟件，假陽性率也較低。是microRNA領域大牛Rajewsky實驗室開發的。該文章位列miRNA相關文章引用Top5。網址：http://pictar.mdc-berlin.de/
（7） PITA：基于靶位點的可接性（target-site accessibility）和自由能預測microRNA的靶標。是著名的生物信息學家Segal實驗室開發的。網址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html
（8） RNA22：基于序列特征預測microRNA的結合位點。是幾個流行的microRNA靶標預測軟件的其中一個。IBM公司的研究團隊開發的。網址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html
（9） miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌癥研究中心的研究人員開發的軟件和數據庫。miRanda的最新版本又叫mirSVR。網址：<http://www.microrna.org/microrna/home.do>
（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 實驗室開發的microRNA靶標數據庫。網址：<http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/>
（11） miRTarBase：整合實驗證實的microRNA靶標的數據庫。網址：<http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html>
（12） miRGator v2.0：整合microRNA表達、靶標和疾病相關信息的數據庫。網址：<http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/>
（13） MiRNAMap:動物的microRNA基因及其靶標的數據庫。網址：<http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/>
（14） miRDB: 動物microRNA靶標預測和功能注釋數據庫。網址：<http://mirdb.org/miRDB/>
（15） RNAhybrid：一個基于miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標的軟件。網址：<http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/>
（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶標數據庫。網址：<http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html>
（17） Targetfinder: 使用基于植物的靶標罰分策略預測小RNA的靶標軟件。網址：<http://jcclab.science.oregonstate.edu/node/view/56334>
（18） miRU, psRNATarget: 一個網頁版的植物microRNA靶標預測工具。網址：<http://www.plantgrn.org/psRNATarget/>
（19） CleaveLand:一個基于mRNA降解組數據預測microRNA靶標的工具。網址：<https://homes.bio.psu.edu/people/faculty/Axtell/AxtellLab/Software.html>
（20） Target-align：一個就鑒定植物microRNA靶標的工具。網址：http://www.leonxie.com/targetAlign.php
