siRNA,shRNA,dsRNA,miRNA
miRNA
微RNA（microRNAs，miRNA）
是長度在21-23個核苷酸之間的單鏈RNA片段，調節基因的表達。
miRNA由基因編碼，從DNA轉錄而來，但不翻譯成蛋白。
初級轉錄產物（primary tranｓｃｒｉｐｔs，pri-miRNA）縮短其頸環結構得到功能性的miRNA。
成熟的miRNA分子與一個或更多個mRNA分子部分互補，其主要功能是下調基因的表達。
dsRNA
雙鏈RNA（double-stranded RNA, dsRNA）是一種有互補鏈的RNA，
與細胞中發現的DNA相似，dsRNA構成了一些病毒（雙鏈RNA病毒）的基因組。
像病毒RNA或siRNA 之類的雙鏈RNA能夠促發真核細胞中的RNA干擾，引起脊椎動物中的干擾素反應。
shRNA
小發卡或短發卡RNA（a small hairpin RNA or short hairpin RNA, shRNA）
是一段具有緊密發卡環（tight hairpin turn）的RNA序列，常被用于RNA干擾沉默靶基因的表達。
利用載體把shRNA導入細胞，載體中的U6 啟動子確保shRNA總是表達；
這種裝載了shRNA載體可被傳遞到子代細胞中去，從而使基因的沉默可被遺傳。
shRNA的發卡結構可被細胞機制切割成siRNA ，
然后siRNA 結合到RNA誘導沉默復合物上（RNA-induced silencing complex，RISC），
該復合物能夠結合到目的mRNAs并將其降解。
shRNA 是由RNA 聚合酶Ⅲ轉錄的，
哺乳細胞中的shRNA產物有時會促使細胞產生干擾素反應（細胞遇到病毒侵襲時做出的自我防衛反應），
而miRNA中卻不會遇到這種問題（miRNA是由RNA聚合酶Ⅱ轉錄，與轉錄mRNA的聚合酶相同）。
shRNA也被用于植物和其它系統中，在這些系統中不需要U6啟動子的驅動。
在植物中，常用的增強表達的啟動子是CaMV35S（cauliflower mosaic virus 35S）,
在這種情況下，RNA聚合酶Ⅱ參與了轉錄，起始RNA干擾。
siRNA
小或短干擾RNA（small/short interfering RNA, siRNA ）
是一類20-25個核苷酸長度的雙鏈RNA分子，其主要在RNAi通路中起作用，干擾特異基因的表達。此外siRNA 在RNAi相關的通路中也起作用，如抗病毒機制，基因組染色體結構的塑造等。其結構是一段完全互補的RNA雙鏈，兩端各有兩個未互補的的堿基。
最后做一下小結，miRNA，siRNA ，dsRNA和shRNA都是RNA干擾技術中用到的小分子RNA，其不同之處在miRNA 是單鏈RNA，其余均為雙鏈RNA；siRNA 和dsRNA相似；shRNA需通過載體導入細胞后，然后利用細胞內的酶切機制得到siRNA 而最終發揮RNA干擾作用.
siRNA&miRNA
往往是外源引起的,
如病毒感染和人工插入dsRNA之后誘導而產生，
屬于異常情況是生物體自身的一套正常的調控機制。
來源
長鏈dsRNA
發夾狀pre-miRNA
分子結構
siRNA 是雙鏈RNA，3‘端有2個非配對堿基，通常為UU
miRNA是單鏈RNA
對靶RNA特異性
較高，一個突變容易引起RNAi沉默效應的改變
相對較低，一個突變不影響miRNA的效應
作用方式
RNAi途徑：生物合成，成熟過程，由dsDNA在Dicer酶切割下產生;發生在細胞質中
miRNA途徑：pri-miRNA在核內由一種稱為Drosha酶處理后成為60nt的帶有莖環結構的Precursor miRNAs (pre-miRNAs)；這些pre-miRNAs在轉運到細胞核外之后再由Dicer酶進行處理，酶切后成為成熟的miRNAs；發生在細胞核和細胞質中
Argonaute (AGO) 蛋白質
各有不同的AGO蛋白質
各有不同的AGO蛋白質
互補性（complementarity）
一般要求完全互補
不完全互補，存在錯配現象
RISCs的分子量不同
siRISCs
miRISCs/miRNP
作用機制
單鏈的siRNA 結合到RISC復合物中，引導復合物與mRNA完全互補，通過其自身的解旋酶活性，解開siRNAs，通過反義
siRNA 鏈識別目的mRNA片段，通過內切酶活性切割目的片段，接著再通過細胞外切酶進一步降解目的片段。
siRN 也可以阻遏3′UTR具有短片斷互補的mRNA的翻譯（off target）。
成熟的miRNAs 則是通過與miRNP核蛋白體復合物結合，識別靶mRNA，并與之發生部分互補，從而阻遏靶mRNA的翻譯。在動物中，成熟的單鏈miRNAs與蛋白質復合物miRNP結合，引導這種復合物通過部分互補結合到mRNA的3′UTR（非編碼區域），從而阻遏翻譯。除此之外，miRNA也可以切割完全互補的mRNA。
加工過程
siRNA 對稱地來源于雙鏈RNA的前體的兩側臂
miRNA是不對稱加工，miRNA僅是剪切pre-miRNA的一個側臂，其他部分降解。
對RNA的影響
降解目標mRNA；影響mRNA的穩定性
在RNA代謝的各個層面進行調控；與mRNA的穩定性無關
作用位置
siRNA 可作用于mRNA的任何部位
miRNA主要作用于靶標基因3′-UTR區
生物學意義
siRNA 不參與生物生長，是RNAi的產物，原始作用是抑制轉座子活性和病毒感染
miRNA 主要在發育過程中起作用，調節內源基因表達
