蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫
蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(proteome database)被認(rèn)為是蛋白質(zhì)組知識的儲存庫，包含所有鑒定的蛋白質(zhì)信息，如蛋白質(zhì)的順序、核苷酸順序、2-D PAGE、3-D結(jié)構(gòu)、翻譯后的修飾、基因組及代謝數(shù)據(jù)庫等. 例如，SWISS-2DPAGE數(shù)據(jù)庫包括人類，細(xì)菌，細(xì)胞等物種的信息.其中，E.coli SWISS-2DPAGE數(shù)據(jù)庫是EXPASY分子生物學(xué)服務(wù)器的一部分，通過www的URL網(wǎng)址http://www.expasy.ch/ch2d/ch2d-top.html 可以查詢.
當(dāng)前的計算機(jī)和網(wǎng)絡(luò)技術(shù)，讓我們將所有的數(shù)據(jù)庫連在一起，并允許我們從一個數(shù)據(jù)庫中的一條信息遨游到其他的數(shù)據(jù)庫；將一個研究對象的數(shù)據(jù)與其他各種蛋白質(zhì)組中的相關(guān)數(shù)據(jù)或圖譜相連. 分析型軟件工具被稱為蛋白質(zhì)組分析機(jī)器人、數(shù)據(jù)分析軟件包. 在既定的狀態(tài)下，定量研究蛋白質(zhì)的表達(dá)水平，或者計算機(jī)輔助數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)建立可將實(shí)驗(yàn)推進(jìn)一步.因此，蛋白質(zhì)組分析技術(shù)聯(lián)合蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫，計算機(jī)網(wǎng)絡(luò)和其他軟件包合在一起稱為蛋白質(zhì)組的機(jī)控百科全書(Cyber-encyclopaedia of the proteome).
蛋白質(zhì)組和基因組共同分析可以產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù). 當(dāng)評估每一個數(shù)據(jù)庫的價值時，難免要考慮兩個條件：1)數(shù)據(jù)庫是否在任一時刻保持最新；2)何時能夠相互連接，且以整體狀態(tài)評估. 目前的發(fā)展趨勢：1)信息量呈指數(shù)增長；2)蛋白質(zhì)組計劃的實(shí)施會產(chǎn)生新的數(shù)據(jù)庫；3)致力于模擬細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)的相互作用的新型數(shù)據(jù)庫；4)建立高級、智慧型的咨詢工具是必需的.
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