抗體從頭測序簡述
抗體從頭測序的分類
抗體從頭測序是根據抗體樣品種類進行區分的。我們通常根據抗體的“克隆性”（ clonality）來描述抗體樣品。克隆性是指樣品中存在的不同抗體序列或遺傳系譜的數量。
單克隆：樣品中包含具有相同序列的抗體。單克隆性是進行抗體從頭測序的前提條件。在極少數情況下，可以對單抗的簡單混合物進行蛋白質組測序，但不一定能夠保證成功。
多克隆：樣品中包含具有不同序列的抗體，定量范圍通常較大。如來源于血清的抗體被表征為多克隆抗體。
寡克隆：樣品包含數量有限的抗體系譜，由決定簇互補區（complementarity determining regions, CDRs）所定義。
由上述抗體分類出發，抗體從頭測序分為單克隆抗體從頭測序、多克隆抗體從頭測序和寡克隆抗體從頭測序。本文主要針對單克隆抗體從頭測序進行闡述。
為什么需要抗體從頭測序？
復原單克隆抗體重鏈和輕鏈序列的通用方法有兩種。最直接的方法是對B細胞的轉錄子或遺傳物質進行測序。該方法適用于雜交瘤，噬菌體展示，酵母菌展示或單細胞篩選，是抗體測序法中最具成本效益和最可靠的方法。但是，源細胞并不一定總是可用的。如果雜交瘤丟失，就可能無法獲得遺傳物質。在這種情況下，可以使用抗體測序來復原抗體序列，例如使用Edman降解或質譜分析技術。
基于Edman降解法的測序
Edman降解法，也稱為埃德曼測序法，是一種成熟的蛋白質序列測定技術，該技術從N端開始，一次讀取一個氨基酸。Edman降解法測序的主要優勢是樣品量要求低（通常需要少于1 ug）。 Edman降解法測序的質量隨著氨基酸加工數量的增加而降低，因此該測序發通常用于確定前30-50個氨基酸，很少用于抗體全序列測定。
基于質譜的抗體測序法
質譜法已成為抗體全序列測定的首選方法。在幾乎所有用于抗體測序的質譜方案中，都會先將抗體分解成15-20個氨基酸長的肽，然后在質譜儀中進行分析。在理想情況下，每種肽都可產生片段圖譜。進行抗體從頭測序時，需要對每個片段圖譜進行解析并揭示抗體的一部分序列。通常，我們用具有不同切割基序的多種酶來分解抗體，從而確保抗體的每個區域均可產生幾個重疊肽。如圖1所示，通過產出重疊肽，抗體測序技術可以以類似于鳥槍法測序組裝基因組的方式重組抗體序列。
肽譜分析和抗體從頭測序
在此，我們有必要將肽譜分析和抗體從頭測序進行區分。肽譜分析的目標是確認已知序列，抗體從頭測序是從片段圖譜或圖譜集合中獲得之前未知序列的過程。與抗體從頭測序相比，肽譜分析需要的酶解次數和質譜運行次數往往更少，這就意味著花費可以更低。
圖1.抗體從頭測序過程。首先，用多種酶將抗體樣品進行分解。每種酶都有不同的切割模式（以不同顏色表示），且每種酶都不會給抗體序列產生新的肽。抗體從頭測序利用從多個酶分解物中產生的重疊肽來實現抗體的完全覆蓋，并確保當中沒有遺漏任何一個序列。
那么單克隆抗體測序優勢有哪些呢？以百泰派克的單克隆抗體從頭測序技術為例進行概括：
1、可實現抗體分子輕重鏈100%全序列的拼接；
2、結合PEAKS等質譜分析軟件，制定了有針對性的數據處理算法，不遺漏任何有效數據信息；
3、可對多種亞型和不同類型的抗體進行測序
4、有嚴謹的序列預測和嚴格的序列驗證機制，只提供完全匹配的結果。
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